A történetünk a Gaia nevű bolygón játszódik, amely az alap helyszíne a Final Fantasynak. Ez egy modern civilizáció, amiben rengeteg fejlett technológiára utaló tárgy előfordul, bár a népek nem hanyagolták a régmúlt idők eszközeit sem. Az uralkodó faj az ember, aki az egyetlen jelentős életforma, bár élnek még alacsonyabb rendű élőlények is, néhányan pedig már ki is haltak. A gazdaságot, politikát, sőt még a katonai erőket is a Shinra Elektromos-Energia Szolgáltató Vállalat uralja. Shinra elnök az egész világ uralkodójának számít. A cég sok kísérletei során genetikai mutációkat is hoztak létre, s eme szörnyetegek közül rengeteg garázdálkodik a bolygó felszínén. Minden élet az Életfolyamból származik, valamint halálakor oda is tér vissza. Lényegében ez minden életforma összefogója a bolygón, aminek fogyasztásával csak a bolygót gyengítik. Az embereknek van egy elképzelésük a bizonyos "Ígéret Földjéről", ám erről pontosabban csak az Ősiek, más néven Cetrák tudtak, viszont ők kipusztulásra ítéltettek az idegen teremtmény, Jenova által. Talán még él belőlük bár a bolygón, viszont hollétüket homály fedi.
Egy energiagyártó mega szövetkezet, amely Shinra Vállalatként ismert, át akarja venni a bolygó életenergiája (Életfolyam) fölött az irányítást, valamint ezt felhasználni különböző célokra. Az Életfolyamot megmunkálják, termékekké formálják, amik az elektromosságtól, a Makoig és a Matériákig terjednek. Az utóbbi két anyag képes csodákat tenni, mert egy egyszerű embernek megadhatja az Ősiek bölcsességét. Mindazonáltal, mint a legtöbb energiaforrás az Életfolyam is véges a bolygón, amire nagyon rossz hatással van a Shinra által előállított Mako. Bár a káros hatások világosan észlelhetőek, a vállalat bűntudat nélkül folytatja tevékenységeit.
Ám az igazi harc nem a vállalattal, hanem a távoli múltból származó, sokkal nagyobb erővel folyik. Egy régóta halott harcos, aki az istenné válás mellett döntött, azáltal, hogy elszívja az Életfolyam egészét, újból előkerült, és semmi nem állíthatja meg célja elérésében.
Az embereknek meg kell állítani a közelgő veszélyeket, valamint az ártatlanok védelmére kelni.